Le directeur comptable et financier est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous le contrôle du conseil d'administration, de l'exécution des opérations comptables et financières de la caisse.
Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1 du code de la sécurité sociale, les comptes annuels sont établis par le directeur comptable et financier et arrêtés par le directeur. Les comptes annuels sont ensuite présentés par le directeur et le directeur comptable et financier au conseil d'administration qui, au vu de l'opinion émise par l'instance chargée de la certification, les approuve, sauf vote contraire à la majorité des deux tiers des membres
Toute décision de caractère individuel prise en matière de gestion du personnel est communiquée au directeur comptable et financier qui porte mention de la disponibilité des crédits correspondants et de sa conformité aux autorisations budgétaires.
En cas de vacance d'emploi, d'absence momentanée ou d'empêchement du directeur comptable et financier, ses fonctions sont exercées par un fondé de pouvoir qu'il a préalablement désigné à cet effet, jusqu'à la désignation par le conseil d'administration du directeur comptable et financier.