Les fonctions de comptable de l'association syndicale autorisée sont confiées soit à un comptable de la direction générale des finances publiques, soit à un agent comptable. Le comptable est désigné par le préfet sur proposition du syndicat, après avis du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques.
Lorsque la gestion de l'association syndicale autorisée est confiée à un comptable de la direction générale des finances publiques, l'association est redevable d'une contribution de fonctionnement et de service comptable dont le tarif est fixé par arrêté du ministre en charge du budget et du ministre de l'intérieur. Dans ce cas, les personnels des services déconcentrés de la direction générale des finances publiques participant à la gestion des associations syndicales autorisées perçoivent une indemnité de gestion, à la charge de l'Etat, déterminée à partir des contributions versées par les associations syndicales dont ils ont la charge. Les catégories de personnels concernés et le montant qui leur est attribuable à ce titre sont fixés par arrêté du ministre chargé du budget.