En application du deuxième alinéa de l'article L. 131-7 du code des juridictions financières, et sans préjudice des dispositions prévues par le code général des collectivités territoriales et par le code de la santé publique, lorsqu'à l'occasion de l'exercice des contrôles prévus au 2° de l'article 19 le comptable public a constaté des irrégularités ou des inexactitudes dans les certifications de l'ordonnateur, il suspend le paiement et en informe l'ordonnateur. Ce dernier a alors la faculté d'opérer une régularisation ou de requérir par écrit le comptable public de payer.
L'ordonnateur auquel sont signalés des faits ne motivant pas la suspension de paiement mais susceptibles de constituer une infraction au sens de l'article L. 131-9 du code des juridictions financières informe le comptable public à l'origine de ce signalement des suites qu'il donne à ce dernier dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.