Le comptable est soit un comptable de la direction générale des finances publiques nommé par le ministre chargé du budget après information préalable de l'autorité organisatrice, soit un agent comptable spécial nommé par le préfet, sur proposition du conseil d'administration, après avis du directeur départemental des finances publiques. Il est placé sous l'autorité administrative du directeur.
Toutefois, pour les régies créées à compter du 1er juillet 2020, le choix de confier les fonctions de comptable à un comptable de la direction générale des finances publiques est subordonné à un avis conforme du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques.
Lorsque le comptable notifie sa décision de suspendre le paiement d'une dépense, le directeur peut lui adresser un ordre de réquisition. Il s'y conforme dans les conditions fixées par les articles L. 1617-2 et L. 1617-3 du code général des collectivités territoriales.