Les fonctions d'agent comptable sont confiées à un fonctionnaire du corps des attachés d'administration du ministère chargé de l'agriculture ou à un fonctionnaire détaché dans ces corps, si l'importance de l'établissement public local justifie un agent comptable à temps plein ou pour les groupements comptables d'établissements publics locaux.
Dans le cas des groupements, l'agent comptable siège dans l'un des établissements publics locaux choisi par le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, après avis de la région. L'agent comptable perçoit, outre sa rémunération principale, une indemnité de maniement de fonds pour la gestion des différents postes comptables dont il est titulaire.
Ces mêmes fonctions sont confiées à un agent des services déconcentrés de la direction générale des finances publiques si l'importance de l'établissement public local ne justifie pas qu'il soit recouru à un agent comptable à temps plein.