Les comptes du Haut conseil sont établis selon les règles du plan comptable général. Celui-ci peut faire l'objet d'adaptations proposées par le président du Haut conseil après avis du Haut conseil et approuvées par le ministre chargé du budget et par le garde des sceaux, ministre de la justice.
L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations effectives et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.
Le compte financier du Haut conseil est préparé par l'agent comptable et soumis par le président du Haut conseil à celui-ci, qui entend l'agent comptable. Le compte financier est arrêté par le Haut conseil. L'agent comptable produit, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, le compte financier et les pièces annexes au plus tard à l'expiration du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice.
Le rapport annuel fait une présentation du compte financier et reproduit le compte de résultat et le bilan.