Le premier président est chargé de la direction générale de la Cour des comptes. Après avis du procureur général, il définit l'organisation générale des travaux de la Cour, il répartit les attributions de la Cour entre les chambres et arrête le programme annuel des travaux au vu des propositions des présidents de chambre.
Il préside les audiences solennelles, la chambre du conseil ainsi que le comité du rapport public et des programmes. Il peut présider les séances des chambres mentionnées à l'article R. 112-26, des formations interchambres et des formations communes aux juridictions prévues à l'article L. 141-13.