Le Contrôle général économique et financier est organisé en missions et en sections, respectivement placées sous l'autorité d'un responsable de mission ou d'un responsable de section. Leurs activités s'inscrivent dans le cadre des orientations stratégiques et de la programmation générale des travaux prévues aux articles 6 et 7. Les missions et sections sont créées par arrêté des ministres chargés de l'économie et du budget.