Le président de l'UT par ses décisions, le conseil d'administration par ses délibérations et le directoire, le sénat académique et le parlement étudiant par leurs avis et vœux, assurent le fonctionnement de l'UT.

L'UT est également dotée d'un conseil d'orientation stratégique.

Le président de l'UT est assisté d'un bureau.

L'UT comprend des pôles de recherche ainsi qu'un conseil de la politique doctorale.

Les services de l'UT sont placés sous l'autorité de la direction générale des services.