Les modalités de fonctionnement du centre font l'objet d'une convention conclue entre l'agence régionale de santé et l'établissement de santé dans lequel le centre est implanté ainsi que, le cas échéant, d'une convention conclue entre l'établissement de santé, siège principal du centre, et les établissements où sont situées les unités additionnelles.
Un programme annuel de travail est établi conjointement par le directeur général de l'agence régionale de santé et le responsable du centre, à partir des orientations de la politique de santé définie à l'article L. 1411-1. Ce responsable remet au directeur général de l'agence régionale de santé un rapport d'activité annuel qui est communiqué au ministre chargé de la santé et à l'Agence nationale de santé publique.