L'établissement est administré par un conseil d'administration, qui comprend 8 membres :
1° Un membre du Conseil d'Etat, désigné par le vice-président du Conseil d'Etat ;
2° Un magistrat de la Cour des comptes, désigné par le premier président de la Cour des comptes ;
3° Un agent exerçant des fonctions d'inspection générale au sein de l'inspection générale de l'environnement et du développement durable, désigné par arrêté du ministre chargé de la mer ;
4° L'inspecteur général des affaires maritimes ;
5° Le président du Conseil supérieur de la marine marchande ;
6° Le président du Comité national des pêches maritimes et élevages marins ;
7° Le président du Comité national de la conchyliculture ;
8° Un représentant des activités du nautisme et de la plaisance désigné par le ministre chargé de la mer.
Deux représentants du personnel de l'établissement assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Trois commissaires du Gouvernement, représentant les ministres chargés de la mer, de la sécurité sociale et du budget, assistent aux séances du conseil d'administration et des commissions ayant reçu délégation de celui-ci. Ils sont entendus chaque fois qu'ils le demandent.
Le directeur, le directeur comptable et financier, le contrôleur budgétaire et le chef du service du contrôle médical de l'établissement assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative. Peuvent également assister aux séances les personnes dont l'audition est demandée par le président du conseil d'administration.