Dans le cadre de la démarche de contrôle interne financier, il est institué un comité de pilotage présidé par la directrice des affaires financières, responsable de la fonction financière ministérielle, garante du déploiement et de la mise en œuvre du contrôle interne financier au sein des ministères chargés de l'éducation nationale, de la jeunesse, de l'enseignement supérieur, de la recherche, des sports et des jeux Olympiques et Paralympiques.
Le comité de pilotage arrête la cartographie des risques et des enjeux, le plan d'action ministériel, les feuilles de route pour les services. Il assure le suivi et dresse le bilan des actions menées.