Le choix des stages est organisé par le directeur général de l'agence régionale de santé chaque semestre ou année, par diplôme d'études spécialisées et par phase de formation.
Pour les différentes phases, socle, approfondissement et consolidation, le choix des stages est organisé au niveau de la région.
Les postes proposés au choix des étudiants d'une spécialité inscrits en phase socle et non pourvus à l'issue de ce choix, peuvent être proposés au choix des étudiants de cette spécialité inscrits dans les autres phases de formation, sous réserve que les lieux de stage disposent de l'agrément au titre de ces différentes phases de formation.
Sont proposés au choix des étudiants de la région des lieux de stage agréés situés au sein de la même région.
Les étudiants entrant en phase de consolidation au titre du semestre débutant en mai, inscrits dans l'option précoce Pharmacie Hospitalière générale (PHG) ou Radiopharmacie (RPH) du diplôme d'études spécialisées de pharmacie hospitalière dont la procédure de choix de stages est annuelle, choisissent leur stage annuel avec les étudiants le débutant au semestre précédent.
Les étudiants qui n'ont pas validé leur phase d'approfondissement au 31 octobre de la fin de l'année d'approfondissement participent à une nouvelle procédure de choix de stage organisée le semestre suivant.