Le conseil d'administration de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger comprend trente-quatre membres :
1° Un président ;
2° Quatre parlementaires désignés par moitié respectivement par l'Assemblée nationale et par le Sénat ;
3° Dix-sept représentants de l'Etat :
-le directeur général chargé des enjeux de la mondialisation, de la culture, de l'enseignement et du développement international du ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le directeur chargé de l'enseignement au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le sous-directeur chargé de l'enseignement français à l'étranger au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le délégué chargé des programmes et des opérateurs au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le chef du pôle chargé des opérateurs au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le directeur chargé des ressources humaines au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le directeur chargé des Français à l'étranger et de l'administration consulaire au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le chef de la mission chargée de l'aide à la scolarité au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le directeur chargé des affaires financières au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le sous-directeur chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
-le directeur général chargé de l'enseignement scolaire au ministère chargé de l'éducation ou son représentant ;
-le chef de l'inspection générale de l'éducation, du sport et de la recherche ou son représentant ;
-le délégué chargé des relations européennes et internationales et à la coopération au ministère chargé de l'éducation ou son représentant ;
-le chef de la délégation chargée des affaires européennes et internationales au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
-le sous-directeur en charge de l'action extérieure de l'Etat au ministère chargé du budget ou son représentant ;
-le chef du bureau chargé de la prospective et de l'expertise européenne et internationale au ministère chargé de la fonction publique ou son représentant ;
-le directeur-adjoint en charge de la diplomatie économique au ministère chargé du commerce extérieur ou son représentant ;
4° Un membre de l'Assemblée des Français de l'étranger ;
5° Deux représentants d'organismes gestionnaires d'établissements conventionnés dont au moins un représentant des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger ;
6° Trois représentants des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger ;
7° Cinq représentants du personnel en service tant dans les établissements d'enseignement à l'étranger que dans les services centraux de l'agence, désignés par les organisations syndicales représentatives ;
8° Un conseiller des Français de l'étranger non membre de l'Assemblée des Français de l'étranger, désigné sur proposition de cette dernière.