Le secrétaire général assiste le chef du service en ce qui concerne la gestion et le pilotage du service et gère les moyens alloués pour son fonctionnement.
Il est désigné par arrêté du ministre chargé de l'environnement sur proposition du chef du service parmi les inspecteurs du groupe I nommés dans les conditions fixées par le I de l'article 10 du décret du 9 mars 2022 susvisé.