Le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie est nommé par décret sur le rapport du ministre chargé de la sécurité sociale, après avis du conseil, qui s'oppose à la nomination à la majorité des deux tiers de ses membres. Le directeur des autres caisses nationales est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé de la sécurité sociale après avis du président du conseil ou du conseil d'administration de l'organisme concerné.
Le directeur ou le directeur général nomme, le cas échéant, un ou plusieurs directeurs délégués, directeurs adjoints et sous-directeurs.
Les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées par un agent comptable nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale.