La direction générale des infrastructures, des transports et des mobilités comprend :
-la direction des mobilités routières ;
-la direction des transports ferroviaires et fluviaux et des ports ;
-la sous-direction du droit social des transports terrestres ;
-la sous-direction du budget, de la synthèse stratégique et de l'appui aux services ;
-la sous-direction des ressources humaines, des compétences et des moyens ;
-la sous-direction de la multimodalité, de l'innovation, du numérique et des territoires.
Le Centre d'études des tunnels est un service d'administration centrale rattaché au directeur général des infrastructures, des transports et des mobilités.
En outre, le directeur des transports ferroviaires et fluviaux et des ports est le commissaire délégué aux transports terrestres.
La direction générale des infrastructures, des transports et des mobilités s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences du Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement.