Le préfet de région, en tenant compte des besoins économiques et sociaux et de l'offre existante sur son territoire, peut conclure avec une structure présentant un projet économique et social viable en faveur de l'emploi de travailleurs handicapés, ou de personnes détenues reconnues travailleurs handicapés ayant signé le contrat d'emploi pénitentiaire mentionné à l'article L. 412-3 du code pénitentiaire, un contrat pluriannuel d'objectifs et de moyens valant agrément en qualité d'entreprise adaptée dans la région d'implantation.
Lorsqu'une entreprise adaptée est implantée dans plusieurs régions et sollicite un agrément, sa demande est adressée au préfet de la région dans laquelle elle a son siège social. Le préfet de la région d'implantation du siège social coordonne l'instruction de la demande avec les autres préfets de région concernés qui lui transmettent leurs avis. Le préfet de la région d'implantation du siège social notifie la décision. Le contrat est conclu entre l'entreprise et le préfet de région du ressort de chaque établissement.