La commission administrative centrale et la commission administrative de chaque académie constituent, chacune en ce qui la concerne, les organes délibérants de l'Institut et des académies, tels que définis par le décret du 7 novembre 2012 précité.
La commission administrative centrale administre les biens, dotations et ressources de l'Institut et ceux des cinq académies, lorsqu'ils leur sont communs, ainsi que ceux communs à l'Institut et à certaines académies. Elle fixe le montant des participations de chaque académie aux dépenses des services communs de l'Institut. Elle fixe également les contributions des fondations abritées par l'Institut au fonctionnement de ce dernier. La commission administrative centrale vote le budget de l'Institut. Elle approuve son compte financier et délibère sur l'affectation du résultat.
La commission administrative de chaque académie administre les biens, dotations et ressources qui lui sont propres. Elle fixe les contributions des fondations abritées par l'académie au fonctionnement de cette dernière. Elle vote le budget de l'académie. Elle approuve son compte financier et délibère sur l'affectation du résultat.
Les biens communs à certaines académies sont administrés selon des modalités fixées entre elles par convention.
La commission administrative centrale ou les commissions administratives des académies peuvent se faire assister, dans leurs missions financières, par une commission particulière pour l'administration de certaines fondations.