La commission administrative centrale ou les commissions administratives de chaque académie peuvent demander, chacune en ce qui la concerne, un audit externe de la gestion financière de l'Institut ou des académies. Les résultats de ces contrôles leur sont adressés et sont transmis à la Cour des comptes. S'agissant de la gestion des placements financiers, un audit est effectué au moins tous les trois ans.