Le mandat des membres du conseil d'administration, à l'exception des représentants de l'Etat, est de trois ans, renouvelable une fois. Le mandat des représentants des collectivités territoriales prend fin de plein droit à l'expiration de leur mandat électif.
Le mandat des membres du conseil d'administration est gratuit. Le remboursement des frais de déplacement et de séjour a lieu dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.
Les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt ni occuper aucune fonction dans les entreprises traitant avec l'agence pour des marchés de travaux, de fournitures et de prestations de services ni assurer des prestations pour ces entreprises.
Tout membre du conseil d'administration qui s'estime placé en situation de conflit d'intérêt en informe immédiatement le président et le commissaire du Gouvernement.