Le comité social d'administration est présidé par le directeur général de l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité, qui peut se faire représenter par le secrétaire général ou le secrétaire général adjoint de l'agence.
Lors de chaque réunion du comité social d'administration, le président est assisté en tant que de besoin par un ou des membres de l'encadrement de l'établissement public concernés par les questions ou projets de textes soumis à l'avis du comité social d'administration.