Pour l'exercice de ses attributions, le ministre des outre-mer a autorité sur la direction générale des outre-mer et, conjointement avec le ministre de l'intérieur, sur le secrétariat général du ministère de l'intérieur.
Il dispose, en tant que de besoin de l'inspection générale de l'administration et des services des autres administrations centrales qui concourent à la préparation ou à la mise en œuvre des politiques relevant de ses attributions.
Il peut faire appel aux autres inspections générales et conseils généraux ainsi que, notamment, à :
- l'Agence nationale de l'habitat ;
- l'Office français de la biodiversité ;
- l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie ;
- l'Agence nationale de la cohésion des territoires ;
- l'Agence nationale pour la rénovation urbaine ;
- l'Office national des forêts ;
- le Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement.