La thèse est un travail de recherche ou un ensemble de travaux approfondis qui relèvent de la pratique de la spécialité préparée. Elle est rédigée par l'étudiant et peut porter sur un thème spécifique de recherche clinique ou fondamentale. Le sujet de thèse, proposé par l'étudiant et approuvé par le coordonnateur local de la spécialité dont relève l'étudiant, est validé par le directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques, en liaison, pour les assistants des hôpitaux des armées, avec le pharmacien des armées mentionné à l'article D. 633-31 du code de l'éducation. Le sujet de thèse est mentionné au contrat de formation validé par la commission régionale. L'étudiant choisit son sujet au plus tard avant la fin du dernier semestre de la phase socle. Pour les étudiants inscrits dans l'option précoce radio pharmacie, le sujet de thèse est défini au plus tard en fin de première année de phase d'approfondissement. La thèse conduisant au diplôme d'Etat de docteur en pharmacie est soutenue devant un jury présidé par un enseignant-chercheur des disciplines pharmaceutiques titulaire et habilité à diriger des recherches et composé d'au moins quatre membres dont deux enseignants titulaires des disciplines pharmaceutiques désignés par le président de l'université sur proposition du directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques concerné et un praticien hospitalier pharmacien. Un pharmacien des armées peut faire partie du jury de thèse. Lorsque ce praticien est professeur agrégé du Val-de-Grâce, il peut siéger comme membre-enseignant, voire présider le jury.
La thèse est soutenue avant la fin de la phase d'approfondissement.