Le troisième cycle long a pour objectif l'acquisition de connaissances et de compétences à la fois transversales à toutes les spécialités et spécifiques à la spécialité suivie en mobilisant les savoirs et savoir-faire préalablement acquis au cours du deuxième cycle des études pharmaceutiques, définis par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense. Le diplôme d'études spécialisées de cycle long est structuré en 3 phases définies à l'article D. 633-11 du code de l'éducation et organisées pour permettre à l'étudiant d'acquérir progressivement l'autonomie et les compétences nécessaires à l'exercice de la pharmacie dans la spécialité qu'il prépare. Les enseignements sont dispensés en stage et hors stage. Ils figurent dans la maquette définie par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense annexée au présent arrêté.
Les connaissances et compétences transversales à acquérir ainsi que les connaissances et compétences spécifiques à chaque spécialité, option précoce ou formation spécialisée transversale sont précisées par phase dans chaque maquette de formation annexée au présent arrêté.