La soutenance de la thèse permet la délivrance du diplôme d'Etat de docteur en pharmacie par les universités accréditées à cet effet. Elle permet l'inscription conditionnelle annuelle à la section du conseil central de l'ordre des pharmaciens compétente pour la spécialité sous réserve des dispositions de l'article L. 4222-7 du code de la santé publique, et l'entrée en phase 3 sous réserve de la validation de la phase 2 de la maquette du diplôme d'études spécialisées suivi. Cette inscription est subordonnée à l'inscription de l'étudiant à l'université. Ce dernier transmet, chaque année universitaire, à la section du conseil central de l'ordre des pharmaciens auprès duquel il a obtenu sa première inscription conditionnelle la preuve de son inscription à l'université.
En cas de non-soutenance ou de non validation de la thèse à la fin de la phase 2, l'étudiant s'inscrit à l'université en année de thèse et doit valider cette dernière pour accéder à la phase 3 dite de consolidation.