Le choix des stages est organisé par le directeur général de l'agence régionale de santé chaque semestre, par diplôme d'études spécialisées et par phase de formation.
Pour les différentes phases, socle, approfondissement et consolidation, le choix des stages est organisé au niveau de la région.
Les postes proposés au choix des étudiants d'une spécialité inscrits en phase socle et non pourvus à l'issue de ce choix, peuvent être proposés au choix des étudiants de cette spécialité inscrits dans les autres phases de formation, sous réserve que les lieux de stage disposent de l'agrément au titre de ces différentes phases de formation.
Sont proposés au choix des étudiants de la région des lieux de stage agréés situés au sein de la même région.