L'agence nationale des données de voyage comprend un secrétariat général, une direction technique et une direction des opérations.
Le secrétariat général est notamment chargé des ressources humaines, des moyens de fonctionnement, des relations internationales, de l'expertise juridique et de la communication.
La direction technique conçoit les dispositifs de collecte et d'exploitation des données de voyage, met en œuvre les systèmes d'information et assure leur maintien en conditions opérationnelle et de sécurité.
La direction des opérations assure la collecte et le traitement des données ainsi que les relations avec les services utilisateurs.
L'organisation et le fonctionnement de l'agence sont précisés par un règlement intérieur.