Les crédits européens relevant des programmes financés par le FAMI, le FEDER, le FSI, le FSE +, le FTJ et l'IGFV sont perçus par les autorités de gestion par l'intermédiaire du service du contrôle budgétaire et comptable ministériel près les ministères financiers. Les crédits européens relevant des programmes de coopération territoriale européenne financés par le FEDER sont perçus par l'organisme exerçant la fonction comptable.