Le comité se réunit au moins trois fois par an en formation plénière.
Au sein du comité, une commission est créée pour chacun des trois cycles de l'enseignement supérieur.
Chaque commission est présidée par le président ou l'un des vice-présidents. Les membres du comité participent à la ou aux commissions de leur choix.
Pour les travaux n'impliquant pas l'ensemble des membres du comité, après consultation des vice-présidents, le président peut organiser des réunions par commission de cycle ou associant deux commissions, en fonction des thèmes abordés.
Ces travaux sont portés à la connaissance du comité.
Le comité et les commissions se réunissent à l'initiative du président, ou en cas d'empêchement, de l'un au moins des vice-présidents.
Le comité et les commissions peuvent entendre toute personne dont le concours est jugé utile à leurs travaux, notamment les représentants des ministères concernés par les formations et certifications faisant l'objet des travaux des commissions.
Le secrétariat du comité est assuré par un représentant de la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle. Des représentants du ministre chargé de l'enseignement supérieur assistent aux séances du comité et des commissions.