Le DGEAE réunit le conseil d'instruction sur proposition du DGER et/ou du DGFM, pour étudier le cas des élèves et stagiaires ayant des résultats insuffisants, y compris en termes de comportement, et systématiquement en cas d'échec aux contrats de formation.
L'élève officier dont la situation motive la réunion du conseil d'instruction est, dans tous les cas, convoqué par le conseil. Il peut demander à être assisté par un militaire ou un enseignant de son choix.
L'avis du conseil d'instruction est exprimé à la majorité des voix délibératives par vote anonyme. Il ne peut avoir pour effet de prolonger de plus d'une année la scolarité.
Le DGEAE transmet l'avis du conseil d'instruction au ministre de la défense pour décision.