Un certificat de production de biogaz peut être utilisé par son titulaire pour attester de la source renouvelable du gaz acheminé dans un réseau de gaz naturel. Dans ce cas, le titulaire indique au gestionnaire du registre des certificats de production de biogaz, parmi les certificats qu'il détient, celui qu'il souhaite utiliser.
Le gestionnaire du registre des certificats de production de biogaz procède alors à l'annulation du certificat en inscrivant sur le registre le nom de l'utilisateur, le site de consommation concerné, et la date d'utilisation du certificat.
La réduction des émissions de gaz à effet de serre associée à la production du biométhane correspondant à un certificat de production de biogaz utilisé en application du présent article peut faire l'objet d'une comptabilisation pour le site de consommation concerné dans le cadre du système d'échange de quotas d'émissions de gaz à effet de serre prévu au chapitre IX du titre II du livre II du code de l'environnement.