Les emplois de sous-préfet sont pourvus par décret du Président de la République, sur proposition du Premier ministre, du ministre de l'intérieur et, pour les emplois outre-mer, du ministre chargé de l'outre-mer.
Les nominations sont prononcées pour une durée initiale maximale de trois ans. Cette durée peut être prolongée sans que la durée totale d'occupation d'un même emploi puisse excéder cinq ans.
La durée maximale d'exercice continu des fonctions de sous-préfet est de neuf ans, quel que soit le nombre d'emplois occupés pendant cette période. Lorsque la durée entre deux affectations dans des emplois de sous-préfet est inférieure à deux ans, ces deux affectations sont comptabilisées comme relevant d'un exercice continu des fonctions.
Les agents nommés dans les emplois de sous-préfet peuvent se voir retirer leur emploi dans l'intérêt du service. Par dérogation à l'article 16 du décret du 31 décembre 2019 susvisé, ces décisions de retrait d'emploi ne sont pas motivées.