Le conseil d'évaluation se réunit au moins une fois par an, sur convocation du président et des vice-présidents, qui fixent conjointement l'ordre du jour. Le conseil d'évaluation peut également être réuni sur un point précis à la demande du chef de l'établissement pénitentiaire ou du tiers de ses membres au moins.
Le secrétariat du conseil est assuré par les services déconcentrés de l'administration pénitentiaire.