Sous réserve des dispositions des articles R. 341-6 et R. 341-7, la demande présentée sur le fondement de l'article L. 341-3 est réputée acceptée à défaut de décision du préfet notifiée dans le délai de deux mois à compter de la réception du dossier complet.
Lorsque le préfet soumet le projet à un examen au cas par cas en application des dispositions de l'article R. 122-2-1 du code de l'environnement dans le délai de quinze jours à compter de la réception du dossier complet, le délai qui lui est imparti pour se prononcer sur la demande est suspendu à compter de l'envoi de cette décision au demandeur. Cette suspension est levée à la réception, par le préfet, d'une des pièces prévues au 8° de l'article R. 341-1.
Le préfet fixe par arrêté les travaux dont devra s'acquitter tout bénéficiaire d'une autorisation tacite de défrichement, ainsi que la base de calcul et le montant de l'indemnité équivalente qu'il devra acquitter à défaut de réaliser ces travaux, conformément au dernier alinéa de l'article L. 341-6. Ces travaux sont choisis parmi ceux mentionnés au 1° de l'article L. 341-6, sans application de coefficient multiplicateur. L'accusé de réception du dossier complet rappelle les termes de cet arrêté.
Lorsque le préfet estime, compte tenu des éléments du dossier, qu'une reconnaissance de la situation et de l'état des terrains est nécessaire, il porte le délai d'instruction à quatre mois et en informe le demandeur dans les deux mois suivant la réception du dossier complet. Il peut, par une décision motivée, proroger ce délai d'une durée complémentaire de trois mois, notamment lorsque les conditions climatiques ont rendu la reconnaissance impossible.