Le directeur général de la Caisse des dépôts et consignations adresse deux fois par an au ministre chargé de la mutualité le relevé des opérations effectuées et l'état du compte au 30 juin et au 31 décembre, un extrait du registre central, l'état des remboursements des prêts ainsi qu'un état des dépôts en numéraires et titres aux mêmes dates. Les documents présentés au titre de l'état du compte au 31 décembre sont accompagnés d'une note présentant les résultats et perspectives de la gestion financière du fonds.
Une convention entre le ministre chargé de la mutualité et le directeur général de la Caisse des dépôts et consignations précise les modalités de gestion du Fonds national de solidarité et d'action mutualistes, notamment les frais de gestion.