Les montants de la part fonctionnelle de l'indemnité spécifique de haute responsabilité sont déterminés par des autorités désignées par arrêté du ministre de la défense.
Les montants de la part variable attribuée aux emplois classés hors-groupes ainsi que ceux classés au groupe 1 et au groupe 2 sont déterminés par le comité ministériel de rémunération instauré en application de l'article 4 du décret du 11 août 2006 portant attribution d'une indemnité de performance en faveur des directeurs d'administrations centrales.
Les montants de la part variable attribuée aux emplois classés aux groupes 3 à 5 sont déterminés par des autorités désignées par arrêté du ministre de la défense.