A l'issue de chaque période de congé de longue maladie ou de longue durée, le traitement intégral ou le demi-traitement ne peut être payé au fonctionnaire qui ne reprend pas son service qu'à la condition qu'il ait demandé et obtenu le renouvellement de ce congé. Toutefois, le traitement est maintenu jusqu'à l'avis du conseil médical compétent.
Au traitement ou au demi-traitement s'ajoutent les avantages familiaux et la totalité ou la moitié des indemnités accessoires, à l'exclusion de celles qui sont attachées à l'exercice des fonctions ou qui ont le caractère de remboursement de frais.
Ceux des fonctionnaires qui percevaient une indemnité de résidence au moment où ils ont été placés en congé en conservent le bénéfice dans son intégralité s'il est établi qu'eux-mêmes, leur conjoint ou leurs enfants à charge continuent à résider dans la localité où ils habitaient avant leur mise en congé de longue maladie ou de longue durée.
Dans le cas où les intéressés ne réunissent pas les conditions exigées pour bénéficier de la disposition précédente, ils peuvent néanmoins percevoir une indemnité de résidence. Celle-ci, qui ne peut en aucun cas être supérieure à celle qu'ils percevaient lorsqu'ils étaient en fonctions, est la plus avantageuse des indemnités afférentes aux localités où eux-mêmes, leur conjoint ou les enfants à leur charge résident habituellement depuis la date de la mise en congé.
Le bénéficiaire du congé de longue maladie ou de longue durée disposant d'un logement dans les immeubles de l'établissement doit quitter les lieux dans le délai fixé par l'administration si cette dernière estime que son maintien dans les lieux présente des inconvénients pour la bonne marche du service, notamment dans le cas où le fonctionnaire est remplacé.