Les conseils médicaux départementaux sont saisis pour avis par l'autorité territoriale, à son initiative ou à la demande du fonctionnaire.
Lorsque le fonctionnaire sollicite une saisine du conseil médical, l'autorité territoriale dispose d'un délai de trois semaines pour la transmettre au secrétariat de cette instance qui doit en accuser réception au fonctionnaire concerné et à l'autorité territoriale. A l'expiration d'un délai de trois semaines, le fonctionnaire peut faire parvenir directement au secrétariat du conseil un double de sa demande par lettre recommandée avec avis de réception. Cette transmission vaut saisine du conseil médical.