Le service des flottes et des marins comprend :
-la sous-direction des gens de mer ;
-la sous-direction de la sécurité et de la transition écologique des navires.
Il assure la promotion et l'appui au pavillon français aux transports et services maritimes ainsi qu'à la grande plaisance. A ce titre, il élabore les mesures nécessaires à la compétitivité de la flotte de commerce et de la place maritime française. Il suit les restrictions d'accès aux marchés des transports et des services maritimes au plan international.
Il suit l'encadrement des activités économiques au niveau national, européen ou international, en matière :
-d'enregistrement et de statut des navires professionnels ;
-de régimes de responsabilité et d'assurance applicable aux activités maritimes ;
-de réglementation applicable aux activités des entreprises armant des navires de la flotte de commerce ;
-de réglementation relative aux épaves maritimes et aux navires abandonnés dans les limites des eaux sous juridiction française.
Il assure :
-l'exercice des compétences du ministre chargé de la mer au titre de l'actionnariat public auprès des compagnies de transport maritime ;
-l'élaboration et la gestion des dispositifs de soutien et de développement des entreprises armant des navires de la flotte de commerce et de services ;
-la formulation des avis techniques sur les agréments fiscaux accordés par l'administration compétente dans les matières intéressant la flotte de commerce ;
-l'enregistrement et la gestion administrative des navires immatriculés au registre international français à travers le guichet unique du registre international français créé par le décret n° 2006-142 du 10 février 2006 relatif à la création du guichet unique prévu par la loi n° 2005-412 du 3 mai 2005 relative à la création du registre international français ;
-la délivrance des autorisations de transport déterminé ;
-l'élaboration de statistiques portant sur les différents segments de la flotte de commerce française, des armements et des registres français ;
-le pilotage des études économiques permettant d'évaluer les politiques de soutien à la flotte de commerce.
Il comprend le guichet unique du registre international français créé par le décret du 10 février 2006 précité.