L'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer) est désigné comme organisme intermédiaire au sens de l'article 58 du règlement (CE) n° 1198/2006 du Conseil du 27 juillet 2006 susvisé. Il est chargé de la gestion et du paiement des aides du Fonds européen pour la pêche au titre de la programmation 2007-2013, visés au point 11.4.3 du programme opérationnel susvisé.
Les modalités d'exécution des missions confiées à FranceAgriMer sont précisées par voie de convention entre l'établissement et la direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture.