La Compagnie nationale du Rhône applique les normes du plan comptable général conformément au code de commerce et au guide comptable des entreprises concessionnaires.
Elle procède, s'agissant de la production d'électricité, à la séparation comptable prévue à la sous-section 1 de la section 6 du chapitre Ier du titre Ier du livre Ier du code de l'énergie.
S'agissant de la concession générale mentionnée au premier alinéa de l'article 1er de la présente loi, elle produit un compte spécial de la concession et met en place une comptabilité analytique.