L'indemnité d'expertise est versée trimestriellement.
Elle peut être modulée dans la limite de 40 % du montant moyen trimestriel pour les autorités de direction et les experts, et de 25 % du montant moyen trimestriel pour les assistants techniques, logistiques ou administratifs, afin de tenir compte des difficultés de l'expertise et de la qualité des travaux réalisés dans ce cadre par le bénéficiaire.
La modulation est décidée par le sous-directeur de la police judiciaire de la direction générale de la gendarmerie nationale pour le directeur et le directeur adjoint de l'institut de recherche criminelle de la gendarmerie nationale.
Pour les personnels de l'institut de recherche criminelle de la gendarmerie nationale, elle est décidée par le directeur de l'institut de recherche criminelle de la gendarmerie nationale pour les assistants techniques, logistiques ou administratifs sur proposition motivée des chefs de division. En ce qui concerne les experts, les chefs de service et assimilés et leurs adjoints, elle est décidée par le directeur de l'institut de recherche criminelle après avis du conseil de direction.
Pour les personnels du centre d'expertise numérique du commandement de la gendarmerie dans le cyberespace, elle est décidée par le commandant de la gendarmerie dans le cyberespace sur proposition motivée du chef de division.