La Régie est administrée par un conseil d'administration qui comprend quinze membres :
1° Cinq représentants de l'Etat :
a) Quatre nommés par décret pris sur le rapport conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé de l'économie ;
b) Un nommé par décret pris sur le rapport du ministre de l'intérieur ;
2° Quatre personnalités nommées par décret pris sur le rapport conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé de l'économie :
a) Trois personnalités choisies en fonction de leurs compétences dans le domaine des transports ou des politiques de déplacement ou issues des milieux socio-économiques ;
b) Un représentant des clients des transports collectifs ;
3° Un élu d'une commune ou d'un groupement de communes concernés par l'activité de la Régie ou de ses filiales, nommé par décret pris sur le rapport conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé des collectivités territoriales ;
4° Cinq représentants des salariés élus dans les conditions prévues au chapitre II du titre II de la loi du 26 juillet 1983 susvisée.
Le directeur général des infrastructures, des transports et de la mer au ministère chargé des transports, ou son représentant, siège avec voix consultative au conseil d'administration, en qualité de commissaire du Gouvernement.
Siège également avec voix consultative le chef de la mission de contrôle économique et financier des transports ou son représentant.