Le conseil d'administration ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés, la représentation ne pouvant être assurée que par un membre du conseil appartenant à la même catégorie que le membre représenté. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Lorsque le conseil d'administration délibère par échange d'écrits transmis par voie électronique dans les conditions prévues par l'ordonnance n° 2014-1329 du 6 novembre 2014 relative aux délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial et le décret n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial pris pour son application, le président du comité de bassin, le directeur général de l'agence, le commissaire du Gouvernement et l'agent comptable sont rendus destinataires de cet échange et peuvent y contribuer avec voix consultative.
Les délibérations sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés ou, le cas échéant, à la majorité des membres ayant participé à l'échange d'écrits mentionné à l'alinéa précédent. En cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.
Les membres du conseil ne peuvent participer à une délibération portant sur une affaire à laquelle ils sont intéressés soit en leur nom personnel, soit comme mandataire.
Les délibérations du conseil d'administration sont adressées aux ministres chargés de l'environnement et du budget dans le mois qui suit la date de la séance. Elles sont également adressées, pour information, au préfet coordonnateur de bassin et aux préfets de région intéressés.
Les séances du conseil d'administration ne sont pas publiques.
Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur.