Les étudiants accomplissent trente-six mois de stages à mi-temps ou 18 mois de stage à temps plein incluant les congés annuels dont le stage librement choisi entrant dans la validation du deuxième cycle et intervenant avant la nomination en qualité d'interne, conformément aux dispositions de l'article R. 6153-47 du code de la santé publique. La répartition de cette durée au cours du deuxième cycle des études de médecine doit respecter un minimum de 5 mois de stage à temps plein ou 10 mois de stage à mi-temps pour chaque année du deuxième cycle. Les universités veillent à ce que les choix des stages lors de la troisième année de deuxième cycle permettent à l'étudiant la construction progressive de son projet professionnel mentionné au II de l'article R. 632-2-7 du code de l'éducation.
Les étudiants effectuent au moins 25 gardes. Les gardes font partie intégrante de la formation. Ils justifient qu'ils remplissent les conditions exigées par la réglementation en vigueur relative à l'immunisation obligatoire contre certaines maladies conformément aux dispositions de l'article L. 3111-4 du code de la santé publique.
Les stages ont une durée de quatre à huit semaines à temps plein ou de huit à seize semaines à mi-temps pour les stages réalisés au cours de la première et de la deuxième année de deuxième cycle. Ils ont une durée de six à douze semaines à temps plein ou de douze à vingt-quatre semaines à mi-temps pour les stages réalisés au cours de la troisième année de deuxième cycle.