Le conseil d'administration comprend trente-deux membres :
1° Seize membres de droit ou nommés :
a) Le directeur général de l'enseignement et de la recherche au ministère chargé de l'agriculture et le directeur général de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou leurs représentants ;
b) Le président-directeur général de l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ou son représentant ;
c) Trois présidents d'universités dont le siège est situé dans les académies d'implantation des écoles internes et avec lesquelles l'institut est associé ou lié par une convention ou leurs représentants ;
d) Trois présidents de conseils d'écoles internes désignés conformément au règlement intérieur de l'institut ou leur représentant ;
e) Sept personnalités qualifiées représentatives des professions et des activités éducatives, économiques et de recherche présentant un lien avec les missions de l'institut, dont un directeur d'établissement public local d'enseignement et de formation professionnelle agricole, une personnalité désignée sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et une personnalité désignée sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
2° Seize membres élus :
a) Quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ;
b) Quatre représentants des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement ;
c) Quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service et des personnels scientifiques ;
d) Quatre représentants des étudiants inscrits dans l'institut.
Les personnalités mentionnées aux c et e du 1° sont nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Les membres mentionnés au 2° disposent d'un suppléant.
En cas d'impossibilité de pourvoir l'un des sièges des collèges des membres mentionnés aux c et d du 1°, ce siège abonde, pour la durée de la mandature, l'effectif du collège des membres mentionnés au e.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les membres mentionnés au e du 1°. Le président du conseil d'administration organise et dirige ses travaux. Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci.