La commission élabore, après consultation des autorités concernées, une stratégie d'audit fondée sur une évaluation des risques, en tenant compte de la description du système de gestion et de contrôle. Elle définit l'organisation et l'orientation de l'ensemble des audits et veille à l'établissement et à l'exécution des programmes d'audits.
Elle adresse aux autorités impliquées dans la gestion et le contrôle des fonds visés par le présent décret, notamment les collectivités territoriales, et aux ministères concernés toute recommandation nécessaire pour améliorer les systèmes de gestion et de contrôle, leur propose les mesures appropriées pour remédier aux déficiences constatées et est informée des suites qui y sont données.
Elle est destinataire des synthèses des contrôles effectués tant par les inspections et conseils départementaux ministériels, les administrations centrales et les services déconcentrés des départements ministériels concernés que par les organismes habilités chargés de la gestion, du contrôle et du paiement, notamment les collectivités territoriales, et les organismes par lesquels ont transité les concours pour en évaluer les résultats.
Elle assure le suivi de l'ensemble des rapports, avis et autre travaux qu'elle a produits et répond aux demandes et recommandations correspondantes de la Commission européenne et de la Cour des comptes européenne.