Les élections ont lieu au scrutin de liste, à un tour, sans panachage ni vote préférentiel, avec représentation proportionnelle. Les listes présentées doivent comporter au moins deux noms.
Le scrutin relatif à l'élection des représentants du personnel au conseil d'administration et aux commissions territoriales de la Masse des douanes est secret.
L'inobservation de ce principe et de toutes les règles afférentes à cette modalité substantielle du vote entraîne la nullité de l'ensemble du suffrage.
Le vote électronique par internet peut constituer la modalité exclusive d'expression des suffrages ou constituer l'une de ces modalités conformément au décret n° 2011-595 du 26 mai 2011.