Le contrôle de légalité des actes du Centre national de la fonction publique territoriale est exercé, dans les conditions prévues par le code général des collectivités territoriales, par le représentant de l'Etat dans le département où est situé le siège du centre. Le représentant de l'Etat met en œuvre les procédures de contrôle budgétaire suivant les modalités prévues par le chapitre II du titre Ier du livre VI de la première partie du même code.
Les actes du Centre national de la fonction publique territoriale et de ses délégations relatifs à l'organisation des concours et examens professionnels, à l'inscription des candidats déclarés aptes par le jury sur une liste d'aptitude, à la publicité des créations et vacances d'emplois ainsi que les conventions qu'ils passent avec des tiers sont exécutoires dès leur transmission au représentant de l'Etat concerné et leur publication dans les conditions prévues par le chapitre Ier du titre III du livre Ier de la seconde partie du code général des collectivités territoriales. Le représentant de l'Etat concerné défère au tribunal administratif les actes qu'il estime contraires à la légalité. Il est statué sur les demandes de suspension dans le délai d'un mois.